1、初级农产品加工企业不需要办理食品生产许可证。这是因为初级农产品，如烟叶、毛茶、食用菌、瓜果蔬菜等，不包括经过加工的产品。这些初级农产品在采摘、收获后，进行简单的加工处理，如晒干、揉捻、发酵、烘干等，以保持其原始状态或延长保质期。
2、法律分析：不需要。农产品初加工销售是不需要办理食品生产许可证和食品流通许可证。法律依据：《中华人民共和国食品安全法》 第三十五条 国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品销售、餐饮服务，应当依法取得许可。但是，销售食用农产品，不需要取得许可。
3、初级农产品不属于食品生产许可的范围。初级农产品加工企业不需要办理食品生产许可证，只需要按相关规定办理营业执照。初级农产品是指种植业、畜牧业、渔业产品，不包括经过加工的这类产品。包括：烟叶。是以各种烟草的叶片经过加工制成的产品，因加工方法不同，又分为晒烟叶、晾烟叶和烤烟叶。
在这些环节中，农产品的销售不超过20万元的，免征增值税。需要注意的是，农产品免征增值税的范围并不包括农产品的二次加工和加工成品的销售。比如，蔬菜加工成菜肴后销售，或者水果加工成果酱后销售，这些都不属于农产品免征增值税的范围。
法律主观：农业发展有限公司有免税的项目。比如生产销售的各种农膜；生产销售的除尿素以外的氮肥，除磷酸二铵以外的磷肥、钾肥以及免税化肥为主要原料的复混肥；批发和零售的种子、种苗、农药、农机是可以免征增值税的。
加工过的面粉和菜籽油改变了基本自然形态和化学性质，本身就是不免税的，不管是自己加工开始委托生产。
首先需要到税务机关进行企业所得税优惠备案，然后，然后就是正常核算，申报了。
自产农产品：根据增值税暂行条例规定，农业生产者销售的自产农产品（包括初加工、农民专业合作社、公司+农户经营模式）免征增值税。
不得同时享受企业所得税减免，根据增值税暂行条例的规定，免税的农副产品是指农业生产者直接从事农业生产活动取得的产品，对于外购的属于农产品范围的农业产品按照13%的税率（一般纳税人）、3%的征收率（小规模纳税人）征收增值税。
1、按购买价格×扣减率购买农产品的税费。销售过程中的生产税与销售价格（含税÷（1）税率）×税率：例如，如果购买大米，则按照购买大米的价格计算税款。加工和销售大米的，应按照大米销售价格中包含的税款计算生产税。
2、”也就是说，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率，比一般规定的9%扣除率，再加计1%的扣除率。
3、一般纳税人从农产品生产者购进农产品取得免税的增值税普通发票，可以计算抵扣进项税额。购进农产品直接销售，或者加工后仍然属于农产品的，对于购进的农产品按照9%扣除率计算抵扣；购进农产品用于加工13%税率产品的，加计扣除2%，即按照11%扣除率计算扣除。
4、购买农产品的增值税抵扣方式如下：计算抵扣，凭农产品收购发票、销售发票、国税通用机打发票上注明的价款按13%扣除率计算抵扣；凭票抵扣，凭增值税专用发票上的税额抵扣进项。增值税是对销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人就其实现的增值额征收的一个税种。
水果和蔬菜的深加工项目。由于新鲜水果和蔬菜的保质期较短，容易腐烂，通过深加工成如果脯、蜜饯、干果等形式，不仅能延长保存时间，也便于储存和销售。这些加工食品是创业的好选择。 甘薯深加工产品系列。
农业深加工的项目有粮食深加工、肉类深加工、水果深加工、蔬菜深加工、其他农业产品深加工。粮食深加工 粮食是农业的主要产品之一，可以进行深度加工，如小麦深加工、玉米深加工等。小麦可以加工成面粉、面条、饼干等；玉米可以加工成玉米粉、玉米片、甜玉米粒等。
蔬菜深加工包括蔬菜提取物、保鲜和冷冻蔬菜以及脱水蔬菜等多种形式。 水果深加工则涵盖水果提取物、保鲜水果、冷冻水果和速冻水果等。 坚果和浆果类农产品同样拥有其独特的深加工领域。 棉麻和花卉等农产品也可以进行深加工，拓展其应用范围。 茶叶深加工是农产品加工中的一个专门领域。
农产品深加工的好项目有多个，例如：果蔬汁加工、中药材深加工、特色豆制品制作等。果蔬汁加工 果蔬汁加工是农产品深加工的重要方向之一。随着消费者健康观念的增强，对于天然、营养、健康的饮品需求日益增加。