如果原来已记进项税额，则计算出允许抵扣数，不允许抵进的做进项转出。
农产品核定扣除企业，农产品已进项转出，需要按照以下方法处理存货：将期初库存农产品以及库存半成品、产成品耗用的农产品增值税进项税额作转出处理，合并到存货科目（含税金额）的会计处理。具体会计分录如下：借：存货（原材料、库存商品）贷：应交税费：应交增值税（进项税额转出）。
会计分录：借：原材料（或库存商品等科目）1148（万元）应交税费—应交增值税（进项税额）152（万元）贷：银行存款 128（万元）由于销售自产农产品免征增值税的。所以，对方公司只能开具免税的增值税普通发票，购买方可以按照买价和扣除率计算抵扣进项税额。
例如：3月收购农户10000元的羊毛并开具了收购业发票，款项通过现金支付给农户。会计分录该怎么做？一般行业购进农产品按照增值税条例第八条（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
企业购入免税农产品并取得增值税专用发票时，会计分录为：借：原材料（或库存商品等科目）应交税费——应交增值税（进项税额）贷：应付账款——公司名称 企业支付免税农产品的款项，会计分录为：借：应付账款——公司名称 贷：银行存款 免税农产品范围 农业生产者销售的自产农业产品免征增值税。
